答：企业清查出的现金短缺减除责任人赔偿后的余额，作为现金损失在计算应纳税所得额时扣除。具体按以下材料确认：

1、现金保管人确认的现金盘点表(包括倒推至基准日的记录)；

2、现金保管人对于短缺的说明及相关核准文件；

3、对责任人由于管理责任造成损失的责任认定及赔偿情况的说明；

4、涉及刑事犯罪的，应有司法机关出具的相关材料；

5、金融机构出具的假币收缴证明；

6、资产损失的会计处理凭证。